Hoàn thuế GTGT với hàng xuất khẩu sẽ gian nan hơn

Bài đăng trên Saigon Times ngày 18/9/2025

Đặt vấn đề

Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 (theo VBHN số 93/VBHN-VPQH ngày 22 tháng 8 năm 2025) có hiệu lực từ 1/7/2025. Theo đó, một trong sự thay đổi và có tác động lớn đến các doanh nghiệp mà đạo luật này mang lại đó là qui định tại điểm c, khoản 9 Điều 15. Theo đó, điều kiện để các doanh nghiệp xuất khẩu được hoàn thuế đó là “Người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.” Nói cách khác, doanh nghiệp xuất khẩu (sau đây gọi là A) chỉ được hoàn thuế giá trị gia tăng (sau đây gọi là GTGT) khi những nhà cung cấp đầu vào cho A (sau đây gọi là B) đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho A.

Đây là một qui định mới. Cảm giác ban đầu mà qui định này mang lại là có vẻ nó hợp lý. Quan trọng là nó đáp ứng được nhu cầu quản lý thuế của Nhà nước trong cuộc chiến chống lại các hành vi mua bán hoá đơn trong lĩnh vực xuất khẩu. Tuy vậy, đi vào vận hành thực tế qui định này tạo ra bất cập lớn đối với các doanh nghiệp kinh doanh trong lĩnh vực xuất khẩu trong việc thực hiện thủ tục hoàn thuế. 

Bất cập mà doanh nghiệp xuất khẩu đối diện

Để cụ thể hoá điểm c, khoản 9 Điều 15 của Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 (sau đây để thuận tiện xin gọi tắt là Quy định của Luật Thuế), Chính phủ đã ban hành Nghị định 181/2025/NĐ-CP (có hiệu lực từ 1/7/2025). Tuy vậy doanh nghiệp xuất khẩu A hầu như vẫn rất khó khăn, nếu không nói là không thể thực hiện được việc hoàn thuế GTGT. Hãy bắt đầu từ Quy định của Luật Thuế:

Thứ nhất: Về mặt pháp lý, A và B là hai pháp nhân độc lập. Mối quan giữa A và B chỉ là mối quan hệ giữa Bên mua (A) và Bên bán (B). Theo qui định của pháp luật quản lý thuế và hợp đồng, B có nghĩa vụ phải xuất hoá đơn cho A. Chuyện B có chấp hành pháp luật quản lý thuế hay không, A không có quyền kiểm tra và cũng không có khả năng xác định một cách chính xác việc B đã tuân thủ đầy đủ quy định về kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng hay chưa.

Thứ hai: Việc A không chủ động nắm được số liệu chính xác liên quan đến tình trạng kê khai, nộp thuế GTGT của B dẫn đến rủi ro đó là số thuế GTGT đề nghị hoàn có thể không được chấp nhận toàn bộ. Khi A không có thuế GTGT đầu ra để khấu trừ, phần thuế GTGT đầu vào này sẽ bị “treo”, gây khó khăn về dòng tiền và buộc doanh nghiệp phải gánh thêm chi phí huy động vốn.

Nghị định hướng dẫn Quy định của Luật Thuế còn làm cho tình hình hoàn thuế càng trở nên khắc nghiệt hơn. Cụ thể, theo qui định tại khoản 3, điều 37 của Nghị định 181/2025/NĐ-CP thì điều kiện để A được hoàn thuế GTGT sẽ bao gồm:

a) Tại thời điểm A nộp hồ sơ hoàn thuế, B đã nộp hồ sơ khai thuế GTGT & không còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng. 

b) Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm A nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định B đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định.

c) Trường hợp xác định B chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của A (bao gồm cả trường hợp chưa đến thời hạn nộp hồ sơ khai thuế) hoặc còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng với kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế thì A không được hoàn thuế đối với các hóa đơn tương ứng với kỳ tính thuế B chưa nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế GTGT hoặc còn nợ tiền thuế GTGT.

 

Có 2 điều cần bàn liên quan đến hướng dẫn trên của Nghị định 181/2025/NĐ-CP

Thứ nhất: Nghị định 181/2025/NĐ-CP vẫn giữ tinh thần của Quy định của Luật Thuế. Theo đó, việc hoàn thuế VAT cho A sẽ phụ thuộc vào việc B tuân thủ việc nộp hồ sơ khai thuế GTGT & không còn nợ tiền thuế GTGT của kỳ tính thuế tương ứng. 

Thứ hai: Điểm mới mà Nghị định 181/2025/NĐ-CP yêu cầu là Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm A nộp hồ sơ hoàn thuế trên cơ sở kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định B đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định. Trên thực tế, trong các kỳ hoàn thuế tháng 7 và tháng 8 vừa qua, nhiều doanh nghiệp gặp vướng mắc do hệ thống công nghệ thông tin tự động của cơ quan thuế (từ cấp Cục Thuế đến Chi cục Thuế địa phương) chưa đủ năng lực xác định việc B đã kê khai, nộp thuế GTGT. Hệ quả là cơ quan thuế hầu như không thực hiện giải quyết hoàn thuế cho các hồ sơ trong giai đoạn này. Thay vì có quyết định chính thức, nhiều cơ quan thuế lựa chọn “giải pháp mềm” bằng việc thuyết phục doanh nghiệp tự rút hồ sơ hoàn thuế, chờ đến khi hệ thống công nghệ của cơ quan thuế vận hành được theo đúng quy định tại Nghị định, hoặc khi có văn bản hướng dẫn mới từ cơ quan quản lý cấp trên.

Giả sử trong thời gian tới, khi hệ thống công nghệ thông tin của cơ quan thuế đã vận hành đầy đủ theo đúng quy định “Cơ quan quản lý thuế tại thời điểm cơ sở kinh doanh nộp hồ sơ hoàn thuế sẽ căn cứ trên kết quả xử lý của hệ thống công nghệ thông tin tự động để xác định người bán đã kê khai, nộp thuế giá trị gia tăng theo quy định” — thì vẫn phát sinh rủi ro đối với doanh nghiệp xuất khẩu. Cụ thể, trong trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu hoàn thuế theo tháng: tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế trong tháng hiện tại, nếu nhà cung cấp chưa đến hạn kê khai, do khai thuế theo quý thì hệ thống vẫn xác nhận đủ điều kiện. Tuy nhiên, đến sau ngày cuối cùng của  tháng đầu của quý sau, nếu nhà cung cấp kê khai sai, không kê khai hoặc không nộp thuế thì số tiền thuế GTGT đã được hoàn sẽ bị “truy hoàn” kèm xử phạt. Đây là rủi ro rất lớn cho doanh nghiệp xuất khẩu, khiến họ có xu hướng loại bỏ các doanh nghiệp nhỏ và vừa (SMEs) khỏi danh sách nhà cung cấp, chỉ lựa chọn đối tác lớn, có khả năng tuân thủ cao hơn.

Kết luận

Các qui định trước 01/7/2025 không có quy định bắt buộc việc nhà cung cấp phải hoàn thành nghĩa vụ kê khai, nộp thuế thì doanh nghiệp xuất khẩu mới được hoàn thuế GTGT. Nhưng từ ngày 01/7/2025 thì Luật và Nghị định mới bổ sung quy định chặt chẽ hơn theo hướng hóa đơn mua vào của doanh nghiệp xuất khẩu chỉ được hoàn thuế khi nhà cung cấp [cho họ] đã kê khai, nộp thuế GTGT đúng quy định.

Quy định này giúp cơ quan thuế kiểm soát tốt hơn, hạn chế gian lận hoàn thuế. Nhưng nếu nhìn từ khía cạnh của doanh nghiệp nó gây khó khăn lớn cho doanh nghiệp xuất khẩu vì không thể kiểm soát nghĩa vụ thuế của nhà cung cấp. Đồng thời, các qui định mới còn tạo ra rào cản đối với doanh nghiệp vừa và nhỏ, do các doanh nghiệp xuất khẩu lớn có xu hướng chỉ chọn nhà cung cấp quy mô lớn, có mức độ tuân thủ cao hơn, khiến SMEs khó tiếp cận chuỗi cung ứng xuất khẩu.

Ngoài ra, ngay cả trong trường hợp hệ thống công nghệ thông tin của cơ quan thuế vận hành đầy đủ, vẫn tiềm ẩn rủi ro: doanh nghiệp xuất khẩu hoàn thuế theo tháng, tại thời điểm nộp hồ sơ trong quý hiện tại hệ thống xác nhận đủ điều kiện, nhưng đến cuối quý sau nếu nhà cung cấp kê khai sai, không kê khai hoặc không nộp thuế, thì khoản thuế GTGT đã hoàn sẽ bị “truy hoàn” kèm xử phạt. Điều này càng làm tăng rủi ro cho doanh nghiệp xuất khẩu và khiến họ có xu hướng loại bỏ SMEs khỏi danh sách nhà cung cấp.

Nhìn từ khía cạnh quản lý nhà nước, quản lý thuế là trách nhiệm của cơ quan thuế, không thể đẩy cái khó của việc quản lý về phía doanh nghiệp. Doanh nghiệp chỉ có trách nhiệm tuân thủ theo đúng quy định, tức là giao dịch phải dựa trên nguyên tắc thực tế phát sinh, có hóa đơn chứng từ hợp pháp, hợp lệ và đáp ứng điều kiện thanh toán qua ngân hàng. Việc bổ sung điều kiện hoàn thuế gắn với nghĩa vụ kê khai, nộp thuế của nhà cung cấp đồng nghĩa với việc cơ quan thuế đã đẩy một phần trách nhiệm quản lý của mình sang cho doanh nghiệp. Trong thực tế, các doanh nghiệp xuất khẩu lớn khó có thể kiểm soát tình trạng tuân thủ thuế của các nhà cung cấp vừa và nhỏ. Điều này dẫn đến xu hướng các doanh nghiệp xuất khẩu sẽ ưu tiên lựa chọn những nhà cung cấp lớn, có mức độ tuân thủ tốt hơn. Hệ quả tất yếu là doanh nghiệp vừa và nhỏ sẽ gặp thêm rào cản trong việc tiếp cận thị trường, đặc biệt khi muốn trở thành đối tác của các doanh nghiệp xuất khẩu lớn. Thậm chí, nguy cơ “truy hoàn” và xử phạt còn khiến doanh nghiệp xuất khẩu hạn chế hợp tác với SMEs ngay từ đầu, làm thu hẹp cơ hội kinh doanh của họ. Quy định này vô hình trung đi ngược lại chủ trương và chính sách của Nhà nước trong việc thúc đẩy và hỗ trợ doanh nghiệp vừa và nhỏ phát triển.